Если ты говоришь про шаблоны то там HTML, а не PHP комментарии
Код:
<!-- то что комментируешь -->
Но можно просто удалить мешающие фрагменты, ибо шаблоны всегда можно откатить до исходного состояния, ну правда потеряются изменения сделанные хаками/модулями.
Если про PHP И ты только начинаешь его изучать то следуй золотому правилу начинающих программистов "работает - не трожь". Ибо движок весьма сложный и замысловатый, вероятность чегонить попортить весьма велика.