А как не запросом поменять

развечто hex редактором в файлах самой базы менять. Все графические оболочки для СУБД и работают через запросы. Как именно тебе надо массово менять.
Код:
UPDATE `user` SET userid=2 WHERE userid=3
Или надо отнять, добавить некое число для всех.
Код:
UPDATE `user` SET userid= userid + 1 ORDER BY userid DESC
Учти надо чтобы следущий номер авто инкремента не был меньше самого большого ид.