Kochevnik, поддерживаю...
для простых хаков вообще считаю дурным тоном не пользоваться системой плагинов.
80% задач можно решить именно с помощью плагинов! Свои разработки тоже стараюсь всегда писать именно так, чтобы потом не приходилось при апдейте переустанавливать.
А с приходом версии 3,5 думаю хаки изменяющие код вообще должны отойти в небытие... Почти все можно сделать через плагины, менеджер задач, да и просто аддоны.
вышенаписанное не относиться к редактированию шаблонов

) можно конечно заставлять скрипт править их автоматом, но это не всегда удобное решение